1960年10月， 阿里因身体不适，宣告退位，将埃米尔之位让给其子艾哈迈德·本·阿里·阿勒萨尼，他本人去瑞士疗养。艾哈迈德厌恶政务，生活奢侈浮华，放荡不羁，经常出国狩猎度假或游山玩水。王室和臣民对埃米尔艾哈迈德沉醉于声色犬马的行为十分不满。艾哈迈德为了缓和王室成员中对其父禅位于子的不满，任命其堂弟哈利法为副埃米尔。1962年，哈利法又重新被立为王储。
哈利法对其叔父篡夺他的埃米尔之位一事始终耿耿于怀，一直为重新夺回埃米尔之位而努力活动。1962年出任副首相和财政大臣，1966年兼任卡塔尔·迪拜金融中心主席，1970年出任首相兼财政大臣和石油大臣。雄心勃勃的哈利法的权力不断扩大，在卡塔尔的威望也与日俱增。他基本上控制了政府的权力，但还没有掌握军权，一心想要夺回王位但也不敢贸然行事。
1971年，哈利法之子哈马德·本·哈利法·阿勒萨尼从英国圣赫斯特军事学院毕业返国后，被任命为卡塔尔第一快速部队司令，掌握了主要的武装力量。哈利法认为万事俱备，只等待合适的时机了。1971年9月1日，卡塔尔宣布独立，结束了英国的“保护地”状态。